本申請涉及生物信息分析，具體涉及轉(zhuǎn)錄因子分析，尤其涉及一種轉(zhuǎn)錄因子分析方法、裝置、電子設(shè)備及存儲介質(zhì)。

背景技術(shù)：

1、轉(zhuǎn)錄因子在物種的生長發(fā)育、環(huán)境應(yīng)答和生長周期調(diào)控等生物過程中發(fā)揮重要作用，對物種的轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析可以為基因功能研究、疾病發(fā)生發(fā)展機制研究、藥物研發(fā)等提供重要的數(shù)據(jù)支持和指導(dǎo)。目前，現(xiàn)有的轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫中基序矩陣文件的格式和注釋相對混亂，且尚未有適用于非模式植物轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析的自動化流程，導(dǎo)致對待分析物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析的效率較低。

技術(shù)實現(xiàn)思路

1、鑒于以上內(nèi)容，有必要提出一種轉(zhuǎn)錄因子分析方法、裝置、電子設(shè)備及存儲介質(zhì)，以解決轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析效率低的技術(shù)問題。

2、本申請?zhí)峁┺D(zhuǎn)錄因子分析方法，所述方法包括：獲取待分析物種的蛋白質(zhì)序列，以及所述蛋白質(zhì)序列的多個目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子；通過對所述多個目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子和預(yù)存的模板轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行同源性分析，確定每個目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子對應(yīng)的目標(biāo)基序；對所述每個目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子及對應(yīng)的目標(biāo)基序進(jìn)行共表達(dá)分析，得到所述每個目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子的共表達(dá)模塊；基于所述目標(biāo)基序篩選所述共表達(dá)模塊，得到每個所述目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子對應(yīng)的調(diào)控子；通過計算所述調(diào)控子的活性得分，得到所述待分析物種的轉(zhuǎn)錄因子分析結(jié)果。

3、在一些實施例中，獲取所述預(yù)存的模板轉(zhuǎn)錄因子的方法包括：從多個數(shù)據(jù)庫中獲取多個示例物種的示例轉(zhuǎn)錄因子及對應(yīng)的示例基序；當(dāng)多個所述示例轉(zhuǎn)錄因子屬于相同的示例物種且屬于不同的數(shù)據(jù)庫時，保留多個所述示例轉(zhuǎn)錄因子中的任意一個示例轉(zhuǎn)錄因子及其對應(yīng)的示例基序；轉(zhuǎn)換所述示例轉(zhuǎn)錄因子與示例基序為統(tǒng)一格式，得到所述模板轉(zhuǎn)錄因子及對應(yīng)的模板基序。

4、在一些實施例中，所述模板轉(zhuǎn)錄因子對應(yīng)于模板基序，所述通過對所述多個目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子和預(yù)存的模板轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行同源性分析，確定每個目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子對應(yīng)的目標(biāo)基序包括：計算每個目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子與每個模板轉(zhuǎn)錄因子的同源性得分；確定最高同源性得分對應(yīng)的模板轉(zhuǎn)錄因子的基序為目標(biāo)基序。

5、在一些實施例中，所述計算每個目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子與每個模板轉(zhuǎn)錄因子的同源性得分包括：劃分所述目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子，得到所述目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子對應(yīng)的多個第一子序列；劃分所述模板轉(zhuǎn)錄因子，得到所述模板轉(zhuǎn)錄因子對應(yīng)的多個第二子序列；當(dāng)任意一個第一子序列與任意一個第二子序列相同時，確定所述第一子序列的長度為候選同源性得分；確定所述候選同源性得分中的最大值作為所述目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子與所述模板轉(zhuǎn)錄因子的同源性得分。

6、在一些實施例中，所述共表達(dá)模塊包括所述目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子的靶基因，所述基于所述目標(biāo)基序篩選所述共表達(dá)模塊，得到每個所述目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子對應(yīng)的調(diào)控子包括：計算所述目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子在對應(yīng)的靶基因中的富集得分；確定所述目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子與對應(yīng)的靶基因的結(jié)合位點；當(dāng)所述共表達(dá)模塊中的目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子對應(yīng)的目標(biāo)基序在所述靶基因的結(jié)合位點的上游，且所述富集得分大于預(yù)設(shè)閾值，確定所述共表達(dá)模塊為調(diào)控子。

7、在一些實施例中，所述計算所述目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子在對應(yīng)的所述靶基因中的富集得分包括：計算所述目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子的目標(biāo)基序在所述靶基因中出現(xiàn)的第一頻率；計算所述目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子的目標(biāo)基序在所述蛋白質(zhì)序列中出現(xiàn)的第二頻率；計算所述第一頻率與所述第二頻率的比值，得到所述目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子在對應(yīng)的所述靶基因中的富集得分。

8、在一些實施例中，所述通過計算所述調(diào)控子的活性得分，得到所述待分析物種的轉(zhuǎn)錄因子分析結(jié)果包括：確定所述調(diào)控子中包含所述目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點的所述靶基因；根據(jù)所述富集得分計算所述調(diào)控子的auc得分，獲得所述調(diào)控子的活性得分。

9、本申請實施例還提供一種轉(zhuǎn)錄因子分析裝置，所述裝置包括：接收模塊，用于接收待分析物種的蛋白質(zhì)序列；分析模塊，用于預(yù)測所述蛋白質(zhì)序列的多個目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子；所述分析模塊，還用于通過對所述多個目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子和預(yù)存的模板轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行同源性分析，確定每個目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子對應(yīng)的目標(biāo)基序；所述分析模塊，還用于對所述每個目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子及對應(yīng)的目標(biāo)基序進(jìn)行共表達(dá)分析，得到所述每個目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子的共表達(dá)模塊；所述分析模塊，還用于基于所述目標(biāo)基序篩選所述共表達(dá)模塊，得到每個所述目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子對應(yīng)的調(diào)控子；所述分析模塊，還用于通過計算所述調(diào)控子的活性得分，得到所述待分析物種的轉(zhuǎn)錄因子分析結(jié)果。

10、本申請實施例還提供一種電子設(shè)備，所述電子設(shè)備包括：

11、存儲器，存儲至少一個指令；

12、處理器，執(zhí)行所述存儲器中存儲的指令以實現(xiàn)所述的轉(zhuǎn)錄因子分析方法。

13、本申請實施例還提供一種計算機可讀存儲介質(zhì)，所述計算機可讀存儲介質(zhì)中存儲有至少一個指令，所述至少一個指令被電子設(shè)備中的處理器執(zhí)行以實現(xiàn)所述的轉(zhuǎn)錄因子分析方法。

14、由以上技術(shù)方案可以看出，本申請實施例通過對待分析物種的目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子和預(yù)存的模板轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行同源性分析，確定目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子對應(yīng)的基序，為后續(xù)進(jìn)行待分析物種的轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析提供了數(shù)據(jù)支撐。然后對轉(zhuǎn)錄因子及對應(yīng)的基序進(jìn)行共表達(dá)分析，得到轉(zhuǎn)錄因子的共表達(dá)模塊，并基于所述基序篩選所述共表達(dá)模塊，得到每個所述目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子對應(yīng)的調(diào)控子，能夠提升目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子的數(shù)據(jù)質(zhì)量，從而提升轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析的效率。再通過計算所述調(diào)控子的活性得分，得到所述待分析物種的轉(zhuǎn)錄因子分析結(jié)果，能夠?qū)崿F(xiàn)對待分析物種自動化地進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析，從而提升轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析的效率。

技術(shù)特征：

1.一種轉(zhuǎn)錄因子分析方法，應(yīng)用于電子設(shè)備，其特征在于，所述方法包括：

2.如權(quán)利要求1所述的轉(zhuǎn)錄因子分析方法，其特征在于，獲取所述預(yù)存的模板轉(zhuǎn)錄因子的方法包括：

3.如權(quán)利要求1所述的轉(zhuǎn)錄因子分析方法，其特征在于，所述模板轉(zhuǎn)錄因子對應(yīng)于模板基序，所述通過對所述多個目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子和預(yù)存的模板轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行同源性分析，確定每個目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子對應(yīng)的目標(biāo)基序包括：

4.如權(quán)利要求3所述的轉(zhuǎn)錄因子分析方法，其特征在于，所述計算每個目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子與每個模板轉(zhuǎn)錄因子的同源性得分包括：

5.如權(quán)利要求1所述的轉(zhuǎn)錄因子分析方法，其特征在于，所述共表達(dá)模塊包括所述目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子的靶基因，所述基于所述目標(biāo)基序篩選所述共表達(dá)模塊，得到每個所述目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子對應(yīng)的調(diào)控子包括：

6.如權(quán)利要求5所述的轉(zhuǎn)錄因子分析方法，其特征在于，所述計算所述目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子在對應(yīng)的所述靶基因中的富集得分包括：

7.如權(quán)利要求5所述的轉(zhuǎn)錄因子分析方法，其特征在于，所述通過計算所述調(diào)控子的活性得分，得到所述待分析物種的轉(zhuǎn)錄因子分析結(jié)果包括：

8.一種轉(zhuǎn)錄因子分析裝置，其特征在于，所述裝置包括：

9.一種電子設(shè)備，其特征在于，所述電子設(shè)備包括：

10.一種計算機可讀存儲介質(zhì)，其特征在于，所述計算機可讀存儲介質(zhì)上存儲有計算機可讀指令，所述計算機可讀指令被處理器執(zhí)行時實現(xiàn)如權(quán)利要求1至7中任一項所述的轉(zhuǎn)錄因子分析方法。

技術(shù)總結(jié)
本申請?zhí)岢鲆环N轉(zhuǎn)錄因子分析方法、裝置、電子設(shè)備及存儲介質(zhì)，轉(zhuǎn)錄因子分析方法包括：獲取待分析物種的蛋白質(zhì)序列，以及所述蛋白質(zhì)序列的多個目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子；通過對所述多個目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子和預(yù)存的模板轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行同源性分析，確定每個目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子對應(yīng)的目標(biāo)基序；對所述每個目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子及對應(yīng)的目標(biāo)基序進(jìn)行共表達(dá)分析，得到所述每個目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子的共表達(dá)模塊；基于所述目標(biāo)基序篩選所述共表達(dá)模塊，得到每個所述目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子對應(yīng)的調(diào)控子；通過計算所述調(diào)控子的活性得分，得到所述待分析物種的轉(zhuǎn)錄因子分析結(jié)果。本申請能夠提升轉(zhuǎn)錄因子分析的效率。

技術(shù)研發(fā)人員：廖珣,許春艷,梅俊譜,方曉東,岳震
受保護(hù)的技術(shù)使用者：深圳華大生命科學(xué)研究院
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2025/5/29